La cathédrale ayant été dépouillée de ses verrières anciennes, la reconstitution d'une partie de ses vitraux a été entreprise dès la fin du XVIe siècle et s'est poursuivie jusqu'à nos jours, à la faveur de nouvelles commandes, de dons ou du remplacement des vitraux endommagés accidentellement (dégâts causés par les explosions d'octobre 1918 à Vénissieux et des ponts de Vienne en septembre 1944). De même leur restauration a débuté au début du XIXe siècle, après l'épisode révolutionnaire où la cathédrale avait été fermée au culte et affectée à d'autres fonctions (assemblées, stockage, magasin à fourrage). Les campagnes récentes de restauration de l'édifice (côté nord en 2007-2011) ont été l'occasion de procéder à la restauration des verrières (grandes baies et baies des chapelles latérales), et à la remise en place de fragments de vitraux qui avaient été déposés dans le passé ou arbitrairement remontés.
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